Ледник Иныльчек расположен восточнее озера Иссык-Куль на самой высокой и труднодоступной части всего Тянь-Шаня - массиве Хан-Тенгри. В этом районе довольно мощное оледенение; здесь немало вершин выше 6000 метров. Среди них - Хан-Тенгри (7005 м) - и самый северный на земном шаре семитысячник - пик Победы (7439 м). Ледник протянулся на 60 с половиной километров, а общая площадь оледенения превышает 657 квадратных километров.
Толщина ледяного покрова в нижних частях Иныльчека доходит до 150-200 метров, поэтому он хранит огромные запасы пресной воды. Ледник Иныльчек имеет два больших рукава, которые получили названия Северного и Южного Иныльчеков.
Южный Иныльчек считается крупным ледником в стране. Раньше оба ледника соединялись, но сейчас между ними находится участок мертвого льда, над которым лежит Верхнее озеро или озеро Мерцбахера.